Index

A

acc_ones() (in module ct_segnet.model_utils.losses)

acc_zeros() (in module ct_segnet.model_utils.losses)

B

build_Unet_flex() (in module ct_segnet.model_utils.models)

C

calc_dice_coeff() (in module ct_segnet.stats) calc_jac_acc() (in module ct_segnet.stats) calc_SNR() (in module ct_segnet.stats) conv_layer() (in module ct_segnet.model_utils.models) create_new() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method) ct_segnet module ct_segnet.data_utils.data_io module

ct_segnet.data_utils.patch_maker module ct_segnet.model_utils.losses module ct_segnet.model_utils.models module ct_segnet.seg_utils module ct_segnet.stats module

D

DataFile (class in ct_segnet.data_utils.data_io)

E

est_chunking() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method)

extract_code() (ct_segnet.seg_utils.FeatureExtraction2D method) extract_measurement() (ct_segnet.seg_utils.FeatureExtraction2D method)

F

FeatureExtraction2D (class in ct_segnet.seg_utils)

fidelity() (in module ct_segnet.stats) focal_loss() (in module ct_segnet.model_utils.losses)

G

get_slice_sizes() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method)

get_stats() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method)

I

insert_activation() (in module ct_segnet.model_utils.models)

IoU() (in module ct_segnet.model_utils.losses)

M

module ct_segnet ct_segnet.data_utils.data_io ct_segnet.data_utils.patch_maker ct_segnet.model_utils.losses ct_segnet.model_utils.models ct_segnet.seg_utils ct_segnet.stats

my_binary_crossentropy() (in module ct_segnet.model_utils.losses)

P

Parallelize() (in module ct_segnet.data_utils.data_io)

pool_layer() (in module ct_segnet.model_utils.models) process_data() (in module ct_segnet.seg_utils)

R

read_chunk() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method) read_data() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method) read_full() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method)

read_sequence() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method) read_slice() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method) ROC() (in module ct_segnet.stats)

S

seg_chunk() (ct_segnet.seg_utils.Segmenter method) seg_image() (ct_segnet.seg_utils.Segmenter method)

Segmenter (class in ct_segnet.seg_utils) set_verbosity() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method) show_stats() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method)

U

upconv_layer() (in module ct_segnet.model_utils.models)

V

vis_feature() (ct_segnet.seg_utils.FeatureExtraction2D method)

W

weighted_crossentropy() (in module ct_segnet.model_utils.losses) write_chunk() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method)

write_data() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method) write_full() (ct_segnet.data_utils.data_io.DataFile method)